环境微生物高通量宏基因组检测

检测项目

物种多样性分析、功能基因注释、抗生素抗性基因筛查、毒力因子检测、代谢通路重构、病毒组解析、古菌群落定量、真菌丰度测定、病原微生物溯源、水平基因转移评估、生物膜形成基因鉴定、重金属抗性基因检测、有机污染物降解基因分析、氮循环功能基因定量、硫代谢相关基因筛查、甲烷生成潜力评估、纤维素分解能力测定、噬菌体宿主预测、微生物互作网络建模、耐药基因传播风险评估、生物地理分布研究、环境适应性基因挖掘、极端环境微生物鉴定、新物种发现与分类学修正、微生物活性动态监测、群落演替规律解析、共生关系验证、生态位分化研究、功能冗余度计算

检测范围

农田表层土壤样本、工业废水处理系统活性污泥、城市污水处理厂进出水样品、海洋沉积物岩芯样本、淡水湖泊浮游生物聚集体、大气PM2.5颗粒物滤膜样本、畜禽养殖场粪便堆肥样品、石油污染场地修复区土壤样本、极地冰川融水沉积物样本、深海热液喷口生物膜样本、医疗废水消毒后残留物样本、食品加工车间环境拭子样本、垃圾填埋场渗滤液收集样品、森林腐殖质层有机质样本、矿山酸性排水沉淀物样本、湿地植物根际分泌物样本、生物反应器填料生物膜样本、室内空调系统冷凝水样本、水产养殖池塘底泥样本、医院ICU病房空气沉降菌样本、食品冷链运输包装表面拭子样本、电子工业无尘车间微粒样本、核电站冷却水系统生物垢样本

检测方法

IlluminaNovaSeq6000测序：采用双端150bp读长模式完成全基因组鸟枪法测序
NanoporeMinION三代测序：通过纳米孔实时测序技术获取长读长序列数据
MetaPhlAn3物种注释：基于标记基因数据库实现种水平精确定量
HUMAnN3功能分析：整合UniRef90数据库解析代谢通路丰度
CARD抗性基因识别：应用抗生素抗性综合数据库进行耐药机制分类
VirSorter病毒鉴定：通过机器学习算法识别原核生物病毒序列
qPCR绝对定量：采用TaqMan探针法对特定功能基因进行拷贝数测定
SILVA数据库比对：基于16S/18S/ITSrRNA序列进行系统发育分类
KEGG模块重构：通过直系同源组映射解析微生物代谢网络
antiSMASH次级代谢产物预测：识别生物合成基因簇及其产物类型

检测标准

GB/T35828-2018高通量测序技术规范
ISO17766:2016环境微生物宏基因组分析指南
EPA/600/R-20/278环境样品核酸提取质量控制标准
ASTMD8456-22土壤微生物组测序前处理规程
HJ168-2020环境监测分析方法标准制修订技术导则
ISO/IEC17025:2017检测实验室通用能力要求
GB/T37850-2019生物信息学数据质量控制规范
CLSIMM21-A宏基因组测序临床验证指南
SN/T5325.4-2020进出口食品微生物组分析方法
WHO/HEP/ECH/2021.7病原体宏基因组监测技术框架

检测仪器

ThermoFisherIonGeneStudioS5系统：半导体芯片测序平台适用于快速病原体筛查
BeckmanCoulterBiomeki7自动化工作站：完成96孔板标准化核酸提取与文库制备
CovarisM220聚焦超声破碎仪：实现复杂环境样品中微生物细胞的高效裂解
Agilent4200TapeStation系统：进行DNA文库质量控制和片段分布分析
QiagenQIAcubeHT全自动纯化系统：高通量完成环境DNA纯化与浓缩
OxfordNanoporeGridIONX5：实时测序设备支持现场快速病原体鉴定
IlluminaMiSeqDx合规型测序仪：通过FDA认证的临床级数据分析平台
SartoriusCubisII微量天平：精确称量纳米级DNA定量标准物质
EppendorfMastercyclerX50PCR仪：梯度温控系统保障扩增程序稳定性
TecanInfiniteM200Pro酶标仪：完成荧光定量与OD值精确测定

检测服务范围

1、指标检测：按国标、行标及其他规范方法检测

2、仪器共享：按仪器规范或用户提供的规范检测

3、主成分分析：对含量高的组分或你所规定的某种组分进行5~7天检测。

4，样品前处理：对产品进行预处理后，进行样品前处理，包括样品的采集与保存，样品的提取与分离，样品的鉴定以及样品的初步分析，通过逆向剖析确定原料化学名称及含量等共10个步骤;

5、深度分析：根据成分分析对采购的原料标准品做准确的定性定量检测，然后给出参考工艺及原料的推荐。最后对产品的质量控制及生产过程中出现问题及时解决。

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