转录调控功能测试

检测项目

转录因子结合活性检测：评估特定转录因子与目标DNA序列结合的能力，是功能测试的基础。

报告基因活性分析：通过测量荧光素酶等报告基因的表达水平，间接反映启动子或增强子的活性。

染色质可及性测定：分析目标基因组区域染色质的开放程度，评估调控元件被接近的难易度。

组蛋白修饰状态检测：鉴定特定组蛋白尾部的共价修饰（如甲基化、乙酰化），揭示染色质状态与转录活性的关联。

DNA甲基化水平分析：检测基因启动子等调控区域的CpG岛甲基化状态，评估其对转录的抑制作用。

增强子-启动子互作验证：确认远端增强子与目标基因启动子之间的空间物理相互作用。

共激活因子/共抑制因子招募实验：检测转录因子是否能够招募必要的辅助因子以激活或抑制转录。

体外转录分析：在无细胞体系中重建转录过程，直接测定特定组分对转录效率的影响。

蛋白质-DNA交联（交联实验）：通过甲醛交联固定细胞内蛋白质与DNA的瞬时相互作用，用于后续分析。

转录本定量分析：精确测量目标基因mRNA的表达量变化，是评估调控功能的最终表型指标。

检测范围

核心启动子区：涵盖转录起始位点及其上游约-50bp区域，是基础转录机器组装的位置。

近端调控元件：包括启动子上游数百碱基内的特定转录因子结合位点。

远端增强子/沉默子：研究距离靶基因启动子数kb甚至Mb远的调控序列的功能。

绝缘子与边界元件：测试能阻止增强子-启动子通讯或异染色质扩散的DNA序列功能。

基因座位控制区：对某些基因簇进行整体协调调控的远端关键区域。

非编码RNA基因启动子：针对miRNA、lncRNA等非编码RNA转录单位的调控功能测试。

细胞类型特异性调控区：在不同细胞系或原代细胞中测试调控元件的功能差异性。

发育阶段特异性调控区：在特定发育时间点或诱导分化过程中分析调控元件的动态功能。

环境响应元件：测试受激素、应激、药物等外界信号激活的调控序列。

全基因组关联研究（GWAS）风险位点：对GWAS发现的疾病相关非编码变异所在区域进行功能注释和验证。

检测方法

电泳迁移率变动分析（EMSA）：基于蛋白质-DNA复合物在凝胶中迁移速率变慢的原理，检测体外结合活性。

染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）：通过抗体富集与特定蛋白结合的DNA片段并进行高通量测序，在全基因组范围内定位结合位点。

DNase I超敏感位点测序（DNase-seq）：利用DNase I酶切割开放染色质区域，通过测序鉴定全基因组范围内的调控元件。

转座酶可及性染色质测序（ATAC-seq）：使用Tn5转座酶标记开放染色质区域，快速高效地绘制染色质可及性图谱。

染色体构象捕获技术（3C及其衍生技术）：包括Hi-C、ChIA-PET等，用于研究基因组三维空间互作，验证增强子-启动子环化。

荧光素酶报告基因检测：将待测DNA序列克隆至含有荧光素酶基因的载体中，转染细胞后通过化学发光信号检测其活性。

双荧光素酶报告基因检测系统：在荧光素酶报告系统基础上引入海肾荧光素酶作为内参，用于归一化转染效率差异。

原位杂交技术（如RNA-FISH）：在细胞原位可视化检测特定转录本的表达位置和水平。

定量逆转录聚合酶链式反应（qRT-PCR）：高灵敏度、定量地检测特定基因mRNA的表达水平变化。

CRISPR激活/干扰筛选：利用CRISPR-dCas9系统靶向激活或抑制特定调控元件的功能，并观察表型变化。

检测仪器设备

凝胶成像系统：用于捕获和分析EMSA、DNA/RNA电泳凝胶的荧光或化学发光信号图像。

化学发光/荧光检测仪（酶标仪）：高通量读取96孔板或384孔板中报告基因检测（如荧光素酶）产生的光信号。

实时荧光定量PCR仪：执行qRT-PCR反应，实时监测并定量扩增过程中荧光信号的增长。

高通量测序仪：如Illumina NovaSeq等平台，用于进行ChIP-seq、ATAC-seq、RNA-seq等需要大规模测序的实验。

超声破碎仪（Covaris）

流式细胞分选仪（FACS）：用于基于报告基因（如GFP）或表面标记对特定细胞群体进行分选，以进行纯化后的功能分析。

共聚焦显微镜：用于高分辨率观察荧光报告基因表达、RNA-FISH信号以及蛋白质亚细胞定位。

生物分子相互作用分析系统（如BLI）：无标记实时检测蛋白质与核酸等生物分子间的结合动力学参数。

高效液相色谱仪（HPLC）：可用于分析核酸样品纯度或进行基于甲基化敏感性的分离分析。

细胞转染系统（如电转仪、核转染仪）

检测服务范围

1、指标检测：按国标、行标及其他规范方法检测

2、仪器共享：按仪器规范或用户提供的规范检测

3、主成分分析：对含量高的组分或你所规定的某种组分进行5~7天检测。

4，样品前处理：对产品进行预处理后，进行样品前处理，包括样品的采集与保存，样品的提取与分离，样品的鉴定以及样品的初步分析，通过逆向剖析确定原料化学名称及含量等共10个步骤;

5、深度分析：根据成分分析对采购的原料标准品做准确的定性定量检测，然后给出参考工艺及原料的推荐。最后对产品的质量控制及生产过程中出现问题及时解决。

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