腺苷二磷酸核糖转录组学测试

检测项目

ADP-核糖化位点鉴定：精确识别转录本上发生ADP-核糖基化修饰的特定核苷酸位点，是研究的基础。

修饰丰度定量分析：对特定位点或整体转录本的ADP-核糖化修饰水平进行绝对或相对定量。

修饰异构体分析：区分单ADP-核糖化与多聚ADP-核糖化链修饰，解析修饰的复杂结构。

转录本表达谱关联分析：将ADP-核糖化修饰数据与基因表达水平变化进行关联，探究修饰的功能影响。

poly(ADP-ribose)链长分布：分析多聚ADP-核糖化链的长度分布特征，评估PARP酶活性状态。

修饰动态变化监测：在特定刺激（如DNA损伤、氧化应激）下，追踪ADP-核糖化修饰的时序性变化。

reader蛋白结合位点图谱：鉴定与ADP-核糖化修饰特异性结合的蛋白质（reader）在转录组上的结合位点。

不同RNA类型修饰谱：分别分析mRNA、lncRNA、circRNA、miRNA等不同类型RNA的ADP-核糖化修饰特征。

亚细胞定位修饰分析：研究位于细胞核、细胞质或特定细胞器内转录本的ADP-核糖化修饰差异。

疾病特异性修饰标志物筛选：通过对比正常与疾病样本，筛选与疾病发生发展相关的特异性ADP-核糖化修饰模式。

检测范围

信使RNA：覆盖所有编码蛋白质的mRNA分子，研究其修饰对翻译调控的影响。

长链非编码RNA：涵盖多种lncRNA，探索其在染色质重塑、转录调控中与ADP-核糖化的关系。

环状RNA：检测具有共价闭合环状结构的circRNA上的修饰，可能与稳定性及功能相关。

微小RNA及小干扰RNA：分析这些小RNA前体或成熟体的修饰，涉及基因沉默途径。

核糖体RNA：检测rRNA上的修饰，可能影响核糖体组装和蛋白质合成效率。

转运RNA：涵盖tRNA，研究修饰对其结构和氨酰化功能的潜在调控。

细胞核内RNA：专注于细胞核内新生转录本、剪接中间体等的修饰事件。

线粒体转录组：检测线粒体基因组编码的RNA，研究能量代谢与ADP-核糖化的交叉。

病毒RNA：在感染背景下，检测宿主或病毒自身RNA的修饰，揭示病毒-宿主相互作用。

外泌体及细胞外囊泡RNA：分析分泌到细胞外的RNA的ADP-核糖化状态，探索细胞间通讯新机制。

检测方法

基于抗体的亲和纯化：使用特异性识别ADP-核糖或PAR的抗体进行免疫沉淀，富集修饰的RNA。

化学标记与点击化学捕获：利用工程化的PARP酶掺入含炔烃的ADP-核糖类似物，通过点击化学反应进行生物素标记与纯化。

酶解法验证：使用特异性降解poly(ADP-ribose)的酶（如PARG、ARH3）处理样品，作为阴性对照验证修饰特异性。

二代测序技术：对富集到的RNA进行高通量测序，实现全转录组水平的修饰位点图谱绘制。

液相色谱-质谱联用：用于直接鉴定和定量RNA酶解后产生的ADP-核糖化核苷片段，提供化学证据。

逆转录酶终止法：利用ADP-核糖化修饰可能引起逆转录酶终止或错误的特性，在cDNA合成阶段探测修饰位点。

Northern Blot结合修饰检测：传统Northern Blot技术与ADP-核糖化特异性检测方法结合，用于特定RNA分子的验证。

原位杂交与免疫荧光共定位：在细胞原位水平可视化特定RNA与ADP-核糖化修饰或PARP酶的共定位情况。

生物信息学峰值分析：对测序数据进行生物信息学分析，识别相对于输入对照显著富集的峰值区域（修饰位点）。

功能验证实验：通过敲低/过表达PARPs或reader蛋白，结合报告基因系统验证特定修饰的功能效应。

检测仪器设备

高通量测序仪：如Illumina NovaSeq等平台，用于对富集后的RNA文库进行大规模并行测序。

液相色谱-串联质谱仪：高分辨率LC-MS/MS系统，用于ADP-核糖化修饰核苷的直接鉴定与精确定量。

实时荧光定量PCR仪：用于对富集效果或特定候选修饰转录本进行快速、灵敏的验证和定量。

核酸蛋白定量仪：如Nanodrop或Qubit，精确测定RNA样品的浓度和纯度。

生物分析仪/安捷伦2100系统：评估RNA完整性、文库片段大小分布及质量，确保测序数据可靠性。

低温高速离心机

检测服务范围

1、指标检测：按国标、行标及其他规范方法检测

2、仪器共享：按仪器规范或用户提供的规范检测

3、主成分分析：对含量高的组分或你所规定的某种组分进行5~7天检测。

4，样品前处理：对产品进行预处理后，进行样品前处理，包括样品的采集与保存，样品的提取与分离，样品的鉴定以及样品的初步分析，通过逆向剖析确定原料化学名称及含量等共10个步骤;

5、深度分析：根据成分分析对采购的原料标准品做准确的定性定量检测，然后给出参考工艺及原料的推荐。最后对产品的质量控制及生产过程中出现问题及时解决。

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