基因编辑效率原位分析

检测项目

目标位点插入/缺失（Indel）频率：通过分析编辑位点周围序列的插入或缺失情况，定量计算基因编辑的效率。

等位基因编辑异质性：评估在同一细胞群体中，不同等位基因发生不同编辑事件（如纯合、杂合编辑）的分布情况。

大片段缺失与重排检测：识别因基因编辑（尤其是CRISPR/Cas9）可能引发的目标位点附近的大片段DNA缺失或基因组重排事件。

单核苷酸变异（SNV）检测：精确检测由碱基编辑器或同源定向修复引入的目标位点单碱基改变及其效率。

脱靶效应初步筛查：在已知的潜在脱靶位点进行测序分析，评估编辑系统的特异性。

编辑产物的序列解析：对编辑后的DNA序列进行精确解读，确定具体的突变类型和序列构成。

多靶点编辑效率比较：当同时编辑多个基因位点时，分别量化每个位点的编辑成功率。

编辑深度与覆盖度分析：评估测序数据对目标区域的分析深度和覆盖的完整性，确保结果可靠性。

细胞基因型分型：在单细胞或细胞群体水平，对编辑后的基因型进行分类和统计。

编辑产物的功能预测：基于序列变化，利用生物信息学工具预测其对编码蛋白功能可能产生的影响。

检测范围

培养的哺乳动物细胞系：包括HEK293T、HeLa、iPSC等多种常用细胞模型，是评估编辑工具效率的首选体系。

原代细胞与干细胞：针对难转染、增殖慢的细胞类型，如T细胞、神经干细胞等，进行编辑效率分析。

类器官与三维培养模型：在更接近体内复杂结构的类器官中，评估基因编辑在三维组织环境中的效果。

动物组织切片：直接从经过体内编辑的小鼠等模式生物组织中取样，进行原位分析。

植物组织与原生质体：应用于农作物或模式植物的叶片、愈伤组织等，分析植物基因编辑效率。

微生物群体：针对细菌、酵母等微生物群体，评估其基因组编辑的成功率与均一性。

循环肿瘤DNA（ctDNA）：从血液等液体活检样本中提取ctDNA，分析体内基因编辑的全身性效果。

福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本：对临床保存的病理组织样本进行回溯性基因编辑分析。

单细胞悬液：通过流式分选或微流控技术获取单细胞，进行高分辨率的单细胞基因型分析。

早期胚胎：对基因编辑后的动物或人类（研究用）早期胚胎进行编辑效率与嵌合度分析。

检测方法

Sanger测序与分解曲线分析：通过Sanger测序后使用TIDE、ICE等软件分解测序色谱图，快速定量Indel效率。

高通量测序（NGS）：对PCR扩增的目标区域进行深度测序，是评估编辑效率、产物多样性和脱靶效应的金标准。

数字PCR（dPCR）：通过绝对定量方式，高灵敏度、精准地检测低频编辑事件或等位基因频率。

变性高效液相色谱（dHPLC）：基于异源双链核酸分子在色谱中的滞留差异，快速筛查是否存在编辑突变。

限制性内切酶切割分析（Surveyor/Cel-I assay）：利用酶切异源双链DNA，通过电泳条带定量估算编辑效率。

原位杂交技术（如FISH）：使用特异性探针在细胞或组织原位可视化编辑位点，结合形态学分析。

原位PCR与测序：在细胞或组织切片上直接进行靶向PCR扩增与测序反应，实现空间定位的序列分析。

单细胞测序（scSeq）：在单细胞水平全面分析基因组编辑结果，揭示细胞群体的异质性。

长读长测序（如PacBio, Nanopore）：用于解析因编辑产生的复杂结构变异、大片段缺失和单倍型信息。

微滴式数字PCR（ddPCR）：将样本分割成数万个微滴进行PCR，特别适用于绝对定量和稀有事件检测。

检测仪器设备

Sanger测序仪：如Applied Biosystems系列，用于获取目标片段的初级序列数据，供分解软件分析。

高通量测序平台：如Illumina NovaSeq/MiSeq，Ion Torrent等，用于大规模、深度的目标区域测序。

数字PCR系统：如Bio-Rad QX200 ddPCR系统、Thermo Fisher QuantStudio 3D dPCR系统，用于绝对定量。

高效液相色谱仪（配备dHPLC模块）：用于执行异源双链分析，快速筛选编辑样本。

毛细管电泳仪：如Agilent Fragment Analyzer，用于高精度分析Surveyor assay产物或扩增子大小。

实时荧光定量PCR仪：用于编辑样本的预扩增、质量评估及相对定量分析。

激光共聚焦显微镜：用于观察结合了荧光报告系统的编辑效果或进行原位杂交成像。

单细胞分离与制备系统：如流式细胞分选仪（FACS）或微流控单细胞分选平台，用于获取单细胞样本。

长读长测序仪：如PacBio Sequel系统或Oxford Nanopore MinION/PromethION，用于解析长片段序列。

自动化核酸提取与工作站：用于高通量样本前处理，确保分析流程的标准化与可重复性。

检测服务范围

1、指标检测：按国标、行标及其他规范方法检测

2、仪器共享：按仪器规范或用户提供的规范检测

3、主成分分析：对含量高的组分或你所规定的某种组分进行5~7天检测。

4，样品前处理：对产品进行预处理后，进行样品前处理，包括样品的采集与保存，样品的提取与分离，样品的鉴定以及样品的初步分析，通过逆向剖析确定原料化学名称及含量等共10个步骤;

5、深度分析：根据成分分析对采购的原料标准品做准确的定性定量检测，然后给出参考工艺及原料的推荐。最后对产品的质量控制及生产过程中出现问题及时解决。

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