植物高通量测序检测

检测项目

全基因组重测序：覆盖度≥30X，检测单核苷酸多态性（SNP）精度达Q30，插入缺失（InDel）检测灵敏度5bp

转录组测序：采用链特异性建库，基因表达量检测动态范围10⁶，可变剪切事件识别准确率≥95%

叶绿体基因组测序：完成环状基因组组装，IR区边界鉴定分辨率±10bp，重复序列识别长度≥50bp

甲基化测序：BS-Seq检测Cytosine甲基化位点，覆盖深度≥15X，差异甲基化区域（DMR）识别FDR<0.05

小RNA测序：检测18-30nt非编码RNA，miRNA定量检测限5TPM，新miRNA预测特异性≥90%

宏基因组测序：Kraken2物种注释精度±0.1%，微生物群落α多样性Shannon指数误差±5%

靶向重测序：Panel设计覆盖目标基因外显子区域≥99%，突变检出频率下限1%

全长转录本测序：PacBio Iso-Seq获得完整ORF，转录异构体检出率≥85%，polyA尾长度测定±5nt

表观基因组检测：ATAC-Seq开放染色质区域定位精度±50bp，峰值信噪比≥8:1

单细胞转录组：10X Genomics平台捕获细胞数≥5000/样，UMI检测效率>65%，细胞聚类分辨率0.2μm

检测范围

农作物种质资源：水稻、小麦等核心种质SNP指纹图谱构建，覆盖全染色体组

林木遗传育种：杨树、杉木等生长性状相关QTL定位，标记密度≥1个/1cM

药用植物鉴定：人参、石斛等物种特异性分子标记开发，鉴别准确率99.9%

果蔬品质分析：番茄糖代谢通路基因表达谱，检测阈值0.1FPKM

花卉观赏性状：月季花色苷合成关键基因CNV检测，分辨率≥100bp

濒危植物保护：珙桐等珍稀物种群体遗传多样性评估，π值检测误差±0.001

转基因作物检测：外源基因插入位点定位，侧翼序列获取长度≥200bp

植物病原互作：稻瘟病菌侵染过程差异表达基因筛选，FoldChange≥2倍

逆境响应研究：盐胁迫下根系转录调控网络构建，包含≥3层调控因子

代谢产物合成：青蒿素生物合成途径关键酶基因拷贝数变异验证

检测标准

ISO/IEC 17025:2017《检测和校准实验室能力的通用要求》

GB/T 38526-2020《高通量测序数据处理规范》

GB/T 34796-2017《核酸定量测定要求》

ISO 20395：2019《分子生物学检测方法验证要求》

ASTM E2677-2020《全基因组测序质量评价指南》

GB/T 30988-2014《高通量基因测序样本制备标准》

ISO 20688-1：2021《生物信息学数据格式规范》

GB/T 37872-2019《转录组测序技术规范》

ISO 20166-3：2018《分子体外诊断检查标本要求》

GB/T 38551-2020《植物品种鉴定分子标记法》

检测仪器

Illumina NovaSeq 6000测序仪：双流动槽运行通量6Tb/run，支持PE150测序模式

Oxford Nanopore PromethION：实时单分子测序，读长≥100kb，直接检测碱基修饰

Agilent 4200 TapeStation：核酸样本质量控制，检测范围5-5000nt，精度±5%

Qubit 4.0荧光计：DNA/RNA精确定量，检测下限0.05ng/μL，CV值<2%

Covaris M220超声破碎仪：DNA片段化控制，片段大小调控范围150-800bp

Bio-Rad CFX96实时荧光定量PCR仪：文库质控定量，扩增效率检测范围90-110%

Beckman Coulter Biomek i7自动化工作站：建库流程自动化，移液精度±0.5μL

Thermo Fisher Ion S5 XL：半导体测序技术，单次运行产出15Gb，读长400bp

10X Genomics Chromium Controller：单细胞文库构建，细胞捕获效率>65%

PacBio Sequel IIe：HiFi测序模式，准确率≥99.9%，平均读长15kb

检测服务范围

1、指标检测：按国标、行标及其他规范方法检测

2、仪器共享：按仪器规范或用户提供的规范检测

3、主成分分析：对含量高的组分或你所规定的某种组分进行5~7天检测。

4，样品前处理：对产品进行预处理后，进行样品前处理，包括样品的采集与保存，样品的提取与分离，样品的鉴定以及样品的初步分析，通过逆向剖析确定原料化学名称及含量等共10个步骤;

5、深度分析：根据成分分析对采购的原料标准品做准确的定性定量检测，然后给出参考工艺及原料的推荐。最后对产品的质量控制及生产过程中出现问题及时解决。

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